淬炼不凡，创新无限，重塑FFPE样品研究潜力
2024-12-02
中科新生命
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福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）是一种常用的样本处理技术，通过将组织样本浸泡在福尔马林中固定，然后将其包埋在石蜡中来进行样本的保护和储存，这样处理能够较长时间地保持细胞病理的原始状态。据估计，全球有超过10亿个组织样本被以FFPE形式保存在医院和生物样本库中。
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1）FFPE 技术处理的样本可以很好的保存组织的形态学结构，是组织学和免疫组织化学的研究材料。但是，现如今单纯研究这一层面的变化，已经很难满足越来越高的研究期望。
2）此类样品是临床研究中最容易获取也是保存最多的材料。因为可以常温下长期储存，FFPE标本来源病例可以匹配长期追溯的临床数据，是进行回顾性研究的不二之选。
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1）福尔马林固定会导致核酸之间、蛋白之间以及核酸和蛋白之间的交联，随着固定时间增长，交联程度越大，交联会影响核酸片段化以及蛋白结构。
2）石蜡的高温渗入过程会进一步加速核酸和蛋白的降解，也会影响后续核酸和蛋白提取。
3）越长的保存时间及复杂的保存环境也会产生进一步的影响。
所以从FFPE样本中高效的提取核酸、蛋白，及后续如何提高少量样本的检出是关键难点。
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FFPE
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常规组学+时空组学联合分析
时空多组学联合分析
常规多组学联合分析
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FFPE极微量磷酸化蛋白质组
通过优化磷酸化肽段富集流程和色谱体系，并结合最新的Astral高分辨质谱仪，最终实现了极微量样本的深度磷酸化检测。
产品特色
极低样本量要求：蛋白质要求量低至50μg，较常规磷酸化组学下降90%，石蜡样本切片要求低至5片。
实验双优化+Astral高分辨质谱仪加持，实现超高深度磷酸化检测：50μg蛋白质实现超7000磷酸化位点检出，100μg蛋白质实现超18000位点检出。
项目经验
极微量蛋白质组
极微量蛋白质组即采用最新的SMID方法实现蛋白肽段的一步提取实现对微量样本的低损耗提取，并结合Astral 高分辨质谱仪平台实现对微量样本深度检测的蛋白组学。
产品特色
极低样本量要求：采用SMID一步提取法，FFPE 低至一片，体液低至10μL ，组织低至1mg；
丰富的项目经验：泪液，内耳液、受精卵、卵子、胚胎细胞、干细胞等其他微量样本类型。
空间转录组
空间转录组完美结合组织形态观察优势和转录组学高通量测序优势，完成对一张完整组织切片转录本的高通量检测。
产品特色
1. FFPE样本做空间转录多种平台可选，10x Visium 2.0/HD、Stereo-seq。
2. 多种空间分辨率可供选择，可生成FFPE样本亚细胞级别空间表达谱。
3. 实验流程均无需透化优化，有效缩短项目周期及节省样本使用量。
4. 探针设计覆盖全转录组，检测灵敏度高。
5. 可提供FFPE样本一站式无忧解决方案，分析无忧。
项目经验
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蛋白质+磷酸化蛋白质组
期刊：Gastroenterology
影响因子：25.7
检测技术：蛋白质组，磷酸化蛋白质组
研究内容：对193例GIST患者进行定量蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析，揭示GIST的生物学特征。通过使用GIST细胞系和异种移植小鼠模型进行功能实验，验证了数据驱动的假设。MAPK7被鉴定并在功能上证实与GIST中的肿瘤细胞增殖有关。SQSTM1表达的增加抑制了患者对甲磺酸伊马替尼的反应。
基因组+时空多组学
期刊：Cell
影响因子：45.5
检测技术：WES测序，单细胞转录组，空间转录组
研究内容：对31例人类结直肠标本的空间多组学数据进行分析，实现了肿瘤进化的系统定位，揭示个体化的进展轨迹以及伴随的微环境和克隆变化。对遗传事件进行排序，根据肿瘤的进化动力学对其进行分类，并沿着包含染色体不稳定性（CIN+）和超突变（HM）途径的全球伪时间进展轨迹放置克隆区域。综合单细胞和空间转录组学数据显示，随着时间的推移，复发性上皮程序和浸润性免疫状态发现了一个免疫排斥特征（IEX），由细胞外基质调节剂DDR1、TGFBI、PAK4和DPEP1组成，它与CIN+肿瘤进展有关，与细胞毒性细胞浸润减少有关，并在独立队列中显示预后价值。
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FFPE样本库存庞大，“科研瑰宝”当之无愧，其中蕴含的生物学信息庞大且繁杂，近些年随着技术的发展，FFPE样本在组学领域的应用正在飞速增长，未来也将被挖掘出更多的科研价值。
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