干货分享 | 空间转录组Space Ranger分析结果，应该怎么看

Number of Reads

本次实验样本总的测序reads数；

Valid Barcodes

barcode校准后有效的barcode数占总的reads的比例，Space Ranger会先纠正barcode序列中的序列错误，然后再进行统计；

Valid UMIs

有效的UMI数占总的reads的比例；

Sequencing Saturation

测序饱和度值，就是在当前测序深度情况下，有多少比例的捕获到的mRNA被测出来了，比如这这里的测序饱和度是61.3%，说明有61.3%的mRNA基因被检测出来了，如果加大测序深度会有更多的mRNA被检测出来；

Q30 Bases in Barcode

barcode序列的Q30值；

Q30 Bases in RNA Read

捕获的mRNA序列的Q30值；

Q30 Bases in UMI

UMI序列的Q30值；

Reads Mapped to Genome

比对到基因组上reads的比例；

Reads Mapped Confidently to Genome

唯一比对到基因组上reads的比例；

Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions

比对到唯一基因间区的reads的比例；

Reads Mapped Confidently to Intronic Regions

比对到唯一内含子区的reads的比例；

Reads Mapped Confidently to Exonic Regions

比对到唯一外显子区的reads的比例；

Reads Mapped Confidently to Transcriptome

比对到唯一基因转录组上reads的比例，这一部分的reads就是用来对UMI进行计数统计的；

Reads Mapped Antisense to Gene

比对到基因转录组的反义链区域的reads比例，这部分reads是没有意义的；

Fraction Reads in Spots Under Tissue

比对到唯一基因转录组上reads（Reads Mapped Confidently to Transcriptome）有多少比例覆盖在组织区域的spot上，这里是92.3%，那就说明只有7.7%的reads分布在组织之外的灰色区域的。10x软件在这里有一个默认的阈值为50%，认为这个比例值超过50%结果是正常的，低于50%则回到网页最上面区域提示报错信息（认为可能是透化不完全导致背景RNA过高或者是组织区域选的不合适）；

Mean Reads per Spot

每个spot的平均reads数，10x这里采用的是所有测序reads总数除以组织上检测到的spot数（跟单细胞的统计方法是一样的）；

Mean Reads Under Tissue per Spot

每个spot点用于分析的平均reads数；

Median UMI Counts per Spot

每个spot的中位UMI数；

Median Genes per Spot

每个spot的基因中位数；

Total Genes Detected

检测到的基因总数。

Number of Spots Under Tissue

用于分析的组织覆盖区域的spots数目；

Mean Reads per Spot

每个spot中平均reads数；

Median Genes per Spot

每个spot中基因的中位数；

Number of Reads

测序数据reads数量；

Valid Barcodes

匹配上矫正后barcode的测序reads百分比；

Valid UMIs

有效的UMIs百分比，例如UMI不含Ns，也不是均聚物;

Sequencing Saturation

测序饱和度；

Q30 Bases in Barcode

Barcode碱基质量值大于30的百分比

Q30 Bases in Probe Read

匹配上Probe的read碱基质量值大于30的百分比；

Q30 Bases in UMI

UMI碱基质量值大于30的百分比；

Reads Mapped to Probe Set

比对到测序probe基因集上的reads百分比；

Reads Mapped Confidently to Probe Set

比对到测序probe基因集上的高质量可信reads百分比；

Reads Mapped Confidently to the Filtered Probe Set

比对到过滤后的测序probe基因集上的高质量可信reads百分比；

Fraction Reads in Spots Under Tissue

比对到组织区域中spots上的reads百分比；

Mean Reads Under Tissue per Spot

位于分析组织区域的每个spot平均reads数；

Median UMI Counts per Spot

每个spot中UMI的中位数；

Median gene per Spot

每个spot中gene的中位数；

Genes Detected

检出的基因总数。

Number of 8μm binned squares under tissue

切片组织区域中8μm bin的数量；

Mean reads per 8μm bin

每个8μm bin中的平均reads数;

Mean UMI per 8μm bin

每个8μm bin中的平均UMI数;

Total genes detected

整个组织区域检测到的总基因数;

Reads Mapped to Probe Set

比对到测序probe基因集上的reads百分比；

Reads Mapped Confidently to Probe Set

比对到测序probe基因集上的高质量可信reads百分比；

Reads Mapped Confidently to the Filtered Probe Set

比对到过滤后的测序probe基因集上的高质量可信reads百分比;

Reads Half-Mapped to Probe Set

配对的reads只有其中一条map到探针集上的reads比例;

Reads Split-Mapped to Probe Set

比对的reads都比对到了探针集上，但没有比对到同一个探针ID中的reads比例；

Number of Reads

测序数据reads数量;

Valid Barcodes

匹配上矫正后barcode的测序reads百分比

Valid UMIs

有效的UMIs百分比，例如UMI不含Ns，也不是均聚物;

Sequencing Saturation

测序饱和度;

Q30 Bases in Barcode

Barcode碱基质量值大于30的百分比;

Q30 Bases in Probe Read

匹配上Probe的read碱基质量值大于30的百分比;

Q30 Bases in UMI

UMI碱基质量值大于30的百分比；

Fraction of Bins Under Tissue 8μm

用于分析的组织覆盖下的bin 8μm占比。

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