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ddPCR技术:数字PCR法外源基因拷贝数检测

2023-09-28
中科新生命
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ddPCR (Droplet digtial PCR)又称微滴式数字PCR,是一种使用微流控或微孔板与油相,将PCR反应体系分成油包水液滴单独进行PCR扩增的技术,是继普通PCR技术、Real-time PCR技术后衍生的第三代PCR技术。本方法通过ddPCR技术分别对内参基因与外源基因拷贝数进行绝对定量,相对于传统qPCR检测外源基因拷贝数的方法,具有无需制备标准质粒、标准曲线、操作简便、灵敏度高、准确性高等优点。

▲PCR技术发展

该ddPCR方法包括四个步骤:

Part.

1

液滴生成:通过液滴生成技术将样品分成约20000个油包水的液滴。

Part.

2

PCR扩增反应:在每个液滴中单独进行PCR反应。

Part.

3

液滴读取:读取每个液滴荧光值,确定阴、阳性液滴数,以得到原始样品中阳性液滴的比例。

a.内参基因

b.外源基因

▲阴、阳性液滴1D散点图

▲ FAM/HEX通道2D散点图

Part.

4

数据分析:使用泊松统计分析以确定原始样品中的目标DNA模板浓度,结果以copies/μl表示。将样品中外源基因拷贝数和样品中内参基因拷贝数换算得到外源基因在每个细胞中的拷贝数。

a.不同基因拷贝数

b.不同代次细胞基因拷贝数

▲基因拷贝数检测结果