HPLC肽图检查法，胰酶的自切峰会不会出现在肽谱图上？ 2023-05-17 胰酶的使用量是蛋白质的1/50，在质谱上基本不会对蛋白质的肽段峰产生影响。
全序列检测适用多少氨基酸的小肽？ 2023-05-17 适用于800-4000Da左右的小肽,太长的序列用MALDI-TOF的方法二级可能碎裂不太完全。
HPLC质量肽图，同一肽段出现不同的洗脱时间？ 2023-05-17 出现不同的洗脱时间，可能由于肽段有异构化现象，分子量一样，但是极性不同，所以会出现洗脱时间有一定的差异。另外有些可能是由于肽段的丰度较高，洗脱时间过长，出现一定的拖尾现象。
是否所有蛋白质都适合质谱法C端测序？ 2023-05-17 不是所有的蛋白质都能进行质谱法C端测序，首先要有理论序列。其次，有些蛋白没有合适的酶来切到合适的片段，切到的肽段太大（25个氨基酸以上）或太短（7个氨基酸以下），都不太适合质谱检测，那么找到C端肽段的机会会很小。
硫键检测不到的原因？ 2023-05-17 1. 样品中的理论配对方式的可能含量很低，或者酶切之后的肽段量低于质谱检测线，所以无法被质谱检测器检测到。
2. 样品中存在理论配对方式不符的状况，无法和理论的配对方式进行匹配。
3. 质谱检测对肽段分子量大小有限制。一般M/Z比值在300-1800之间，且容易被离子化的片断才能被检测到。所以某些酶切之后肽段过小或者过大，或者肽段离子化效率很低，质谱无法进行检测。
