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SomaScan vs Olink 双雄对决!多维度顶刊实测数据揭秘

2025-03-17
中科新生命
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在多种血液蛋白质组检测技术中,除了传统的基于质谱技术的非靶向技术外,基于亲和力平台的高通量靶向蛋白质组方法——SomaScan技术和Olink技术获得了研究者的高度青睐。这两个技术目前均已帮助研究者获得了海量的数据和有用的信息。这对「蛋白检测双子星」也在发展中不断迭代,已开启神仙打架模式!目前SomaScan已更新至11K,而Olink也已更新至5K。

面对SomaScan和Olink这两种技术,研究者在选择时可能会犯难。为了帮助大家更好的了解这两大技术,本文小编整理了近两年涉及两平台比较(如检测稳定性与精确度、检测灵敏度、检测蛋白数量与范围等方面)的文章,供研究者参考。

 

 

第一篇

2023年

该项研究分析了48684位UK Biobank参与者的Olink蛋白质组学数据与35892名冰岛人群队列的SomaScan蛋白质组学数据,分析了这些样本的蛋白质水平与基因型和表型信息之间的关联。此外,其中1514人同时做了Olink Explore 3072和SomaScan 5K,研究者也对两个平台间的结果进行了详细的分析和比较。结果表明,这两种最常用的高通量蛋白质组学平台提供的信息具有价值,同时也展示了它们之间的差异,这些差异在某些情况下提供了有用的互补性。由于初次发表时关于两平台比较的分析中出现错误,作者后续进行了勘误,最终更新的结果表明,Olink CV值显著高于比SomaScan,而SomaScan的精确度更高。

链接:https://www.nature.com/articles/s41586-024-07549-z

 

 

 

第二篇

2025年

该研究比较了两种基于亲和力的蛋白质组学平台(Olink Explore 3072 和 SomaScan 11K)在4000名中国成年人中检测的2168种血浆蛋白质的性能。主要结论:

(1)两种平台测量的蛋白水平相关性较低(中位数Spearman相关系数ρ = 0.29),蛋白丰度和数据质量是影响相关性的关键因素。其中最主要的影响因素是Olink中低于检测下限的样本占比,即Olink平台上低于检测下限的蛋白在样本中的高占比,是两个平台相关性低的主要因素。

(2)在1694种唯一匹配的蛋白中,Olink平台和SomaScan平台分别有765种蛋白和513种蛋白被鉴定出具有顺式蛋白数量性状位点(cis-pQTLs),其中400种蛋白的cis-pQTLs在两个平台间共定位。

(3)Olink和SomaScan分别有1096种和1429种蛋白与体质指数(BMI)相关。

(4)Olink和SomaScan分别有279种和154种蛋白与缺血性心脏病(IHD)风险相关。

(5)Olink和SomaScan的蛋白水平加入传统IHD(缺血性心脏病)风险因素后,ROC的AUC从0.845分别提高到0.862和0.863。

这些结果展示了这两种平台的实用性,并为未来研究的设计和解释提供了依据。

链接:https://doi.org/10.1038/s41467-025-56935-2

 

 

 

第三篇

2024年

该项研究对Atherosclerosis Risk in Communities (ARIC) Study中的102 名患者血浆同时进行了SomaScan 11k 和 Olink Explore HT(5400+蛋白) 检测,并进行了比较。主要结论:

(1)Olink中有超过50%的蛋白低于一半样本的检测下限,即没被检测到。而SomaScan全部高于检测下限,表明其有更高的灵敏度

(2)总体上, SomaScan的CV中值为6.8%,显著小于Olink HT的35.7%。产品迭代过程中,SomaScan保持了良好稳定性(6.6%(5K)→6.8%(7K)→7.1%(11K));而Olink在产品迭代过程中新增加的蛋白带来了更高的不稳定性(10.9%(96 panel)→19.8%(3K)→67.9%(5K) )。

(3)在重复样本的检测上,SomaScan相关性更好,相关性中值为0.85,而Olink中值为0.65。

(4)SomaScan的cis-pQTL绝对数量更多,约为2800,而Olink约为2100。

(5)利用两平台共有检测的超4400蛋白分析两个平台的总体相关性,相关性r中位值为0.14。其中约三分之一的蛋白具有良好至极好的跨平台相关性(407个蛋白,r≥0.8;875个蛋白的相关性为0.5≤r<0.8),其余三分之二的蛋白相关性较差(其中r<0.2的蛋白为2481个)。在Olink Explore HT上,大约三分之一的共有蛋白的值100%高于LOD(检测下限),这些蛋白的平台间相关性中位数为0.52。相反,在Olink平台上,大多数样品低于LOD的血浆蛋白,其平台间的相关性较差。也就是说,Olink平台低于检测下限的蛋白严重影响了两个平台相关性。

链接:https://doi.org/10.1101/2024.07.11.24310161

 

 

 

第四篇

2025年

该研究利用7种蛋白质组学平台上(SomaScan 11K、SomaScan 7K、Olink 5K(即Olink Explore HT)、Olink 3K(即Olink Explore 3072)、质谱-高丰度蛋白去除法(MS-HAP Depletion)、质谱-纳米磁珠富集法(MS-Nanoparticle)和靶向质谱PRM检测(MS-IS Targeted)78个个体的血浆进行了蛋白质组学检测和结果比较。

主要结论:

(1)7个技术平台,共鉴定了13007个蛋白(Unique protein),其中SomaScan 11K和7K的检测覆盖到了最多的蛋白质,分别为9645个和6401个。

(2)SomaScan平台的CV值最小,是最准确和稳定的技术平台。SomaScan 11K和7K的CV中值分别为5.3%和5.8%。Olink 5K的CV中值则是Olink 3K CV中值的2倍多,分别为26.8%和11.4%。基于质谱检测的两个平台(质谱-高丰度蛋白去除法和质谱-纳米磁珠富集法)的CV中值都高于SomaScan和Olink平台。

(3)数据完整性评价:研究者从缺失值的角度评价各平台的数据完整性,结果表明,在所有78个样本中SomaScan平台具有最高的数据完整性,11K和7K分别为96.2%和95.8%。Olink 3K的完整性为60.3%,质谱-高丰度蛋白去除法(MS-HAP Depletion)的完整性为53.6%。值得注意的是,最新版本的Olink 5K的数据完整性明显低于之前3K版本的60.3%,仅为35.9%。

(4)检测蛋白的线性评价:97%的SomaScan平台的蛋白是在线性范围(r>0.9),而Olink 5K上,这个数据仅为42%。

(5)SomaScan平台检出了最多的FDA批准人血浆蛋白质生物标志物,11K和7K分别覆盖了88%和76%。其次是发现质谱法(73%)和Olink平台(57%)。

链接:https://doi.org/10.1101/2025.02.14.638375

 

 

 

总结

 

以上文章里都涉及到大样本量的SomaScan平台和Olink平台检测结果比较,从整体的检测蛋白数量及检测稳定性等方面来看,SomaScan都有更优越的表现。因此,在血液大队列研究中,SomaScan平台是一个很好的选择!

 

 

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