在多种血液蛋白质组检测技术中，除了传统的基于质谱技术的非靶向技术外，基于亲和力平台的高通量靶向蛋白质组方法——SomaScan技术和Olink技术获得了研究者的高度青睐。这两个技术目前均已帮助研究者获得了海量的数据和有用的信息。这对「蛋白检测双子星」也在发展中不断迭代，已开启神仙打架模式！目前SomaScan已更新至11K，而Olink也已更新至5K。
面对SomaScan和Olink这两种技术，研究者在选择时可能会犯难。为了帮助大家更好的了解这两大技术，本文小编整理了近两年涉及两平台比较（如检测稳定性与精确度、检测灵敏度、检测蛋白数量与范围等方面）的文章，供研究者参考。
该项研究分析了48684位UK Biobank参与者的Olink蛋白质组学数据与35892名冰岛人群队列的SomaScan蛋白质组学数据，分析了这些样本的蛋白质水平与基因型和表型信息之间的关联。此外，其中1514人同时做了Olink Explore 3072和SomaScan 5K，研究者也对两个平台间的结果进行了详细的分析和比较。结果表明，这两种最常用的高通量蛋白质组学平台提供的信息具有价值，同时也展示了它们之间的差异，这些差异在某些情况下提供了有用的互补性。由于初次发表时关于两平台比较的分析中出现错误，作者后续进行了勘误，最终更新的结果表明，Olink CV值显著高于比SomaScan，而SomaScan的精确度更高。
链接：https://www.nature.com/articles/s41586-024-07549-z
该研究比较了两种基于亲和力的蛋白质组学平台（Olink Explore 3072 和 SomaScan 11K）在4000名中国成年人中检测的2168种血浆蛋白质的性能。主要结论：
（1）两种平台测量的蛋白水平相关性较低（中位数Spearman相关系数ρ = 0.29），蛋白丰度和数据质量是影响相关性的关键因素。其中最主要的影响因素是Olink中低于检测下限的样本占比，即Olink平台上低于检测下限的蛋白在样本中的高占比，是两个平台相关性低的主要因素。
（2）在1694种唯一匹配的蛋白中，Olink平台和SomaScan平台分别有765种蛋白和513种蛋白被鉴定出具有顺式蛋白数量性状位点（cis-pQTLs），其中400种蛋白的cis-pQTLs在两个平台间共定位。
（3）Olink和SomaScan分别有1096种和1429种蛋白与体质指数（BMI）相关。
（4）Olink和SomaScan分别有279种和154种蛋白与缺血性心脏病（IHD）风险相关。
（5）Olink和SomaScan的蛋白水平加入传统IHD（缺血性心脏病）风险因素后，ROC的AUC从0.845分别提高到0.862和0.863。
这些结果展示了这两种平台的实用性，并为未来研究的设计和解释提供了依据。
链接：https://doi.org/10.1038/s41467-025-56935-2
该项研究对Atherosclerosis Risk in Communities (ARIC) Study中的102 名患者血浆同时进行了SomaScan 11k 和 Olink Explore HT（5400+蛋白） 检测，并进行了比较。主要结论：
（1）Olink中有超过50%的蛋白低于一半样本的检测下限，即没被检测到。而SomaScan全部高于检测下限，表明其有更高的灵敏度。
（2）总体上， SomaScan的CV中值为6.8%，显著小于Olink HT的35.7%。在产品迭代过程中，SomaScan保持了良好稳定性（6.6%（5K）→6.8%(7K)→7.1%(11K)）；而Olink在产品迭代过程中新增加的蛋白带来了更高的不稳定性（10.9%(96 panel)→19.8%(3K)→67.9%(5K) ）。
（3）在重复样本的检测上，SomaScan相关性更好，相关性中值为0.85，而Olink中值为0.65。
（4）SomaScan的cis-pQTL绝对数量更多，约为2800，而Olink约为2100。
（5）利用两平台共有检测的超4400蛋白分析两个平台的总体相关性，相关性r中位值为0.14。其中约三分之一的蛋白具有良好至极好的跨平台相关性(407个蛋白，r≥0.8；875个蛋白的相关性为0.5≤r<0.8)，其余三分之二的蛋白相关性较差（其中r<0.2的蛋白为2481个）。在Olink Explore HT上，大约三分之一的共有蛋白的值100%高于LOD（检测下限），这些蛋白的平台间相关性中位数为0.52。相反，在Olink平台上，大多数样品低于LOD的血浆蛋白，其平台间的相关性较差。也就是说，Olink平台低于检测下限的蛋白严重影响了两个平台相关性。
链接：https://doi.org/10.1101/2024.07.11.24310161
该研究利用7种蛋白质组学平台上（SomaScan 11K、SomaScan 7K、Olink 5K（即Olink Explore HT）、Olink 3K（即Olink Explore 3072）、质谱-高丰度蛋白去除法（MS-HAP Depletion）、质谱-纳米磁珠富集法（MS-Nanoparticle）和靶向质谱PRM检测（MS-IS Targeted）对78个个体的血浆进行了蛋白质组学检测和结果比较。
（1）7个技术平台，共鉴定了13007个蛋白（Unique protein），其中SomaScan 11K和7K的检测覆盖到了最多的蛋白质，分别为9645个和6401个。
（2）SomaScan平台的CV值最小，是最准确和稳定的技术平台。SomaScan 11K和7K的CV中值分别为5.3%和5.8%。Olink 5K的CV中值则是Olink 3K CV中值的2倍多，分别为26.8%和11.4%。基于质谱检测的两个平台（质谱-高丰度蛋白去除法和质谱-纳米磁珠富集法）的CV中值都高于SomaScan和Olink平台。
（3）数据完整性评价：研究者从缺失值的角度评价各平台的数据完整性，结果表明，在所有78个样本中SomaScan平台具有最高的数据完整性，11K和7K分别为96.2%和95.8%。Olink 3K的完整性为60.3%，质谱-高丰度蛋白去除法（MS-HAP Depletion）的完整性为53.6%。值得注意的是，最新版本的Olink 5K的数据完整性明显低于之前3K版本的60.3%，仅为35.9%。
（4）检测蛋白的线性评价：97%的SomaScan平台的蛋白是在线性范围（r>0.9），而Olink 5K上，这个数据仅为42%。
（5）SomaScan平台检出了最多的FDA批准人血浆蛋白质生物标志物，11K和7K分别覆盖了88%和76%。其次是发现质谱法（73%）和Olink平台（57%）。
链接：https://doi.org/10.1101/2025.02.14.638375
以上文章里都涉及到大样本量的SomaScan平台和Olink平台检测结果比较，从整体的检测蛋白数量及检测稳定性等方面来看，SomaScan都有更优越的表现。因此，在血液大队列研究中，SomaScan平台是一个很好的选择！
【中科新生命】SomaScan P7K/P11K，开启血液万级蛋白质组检测新纪元！突破血液蛋白质组检测限制，深、稳、准三位一体检测，为血液蛋白标志物发现和临床转化创造新的机遇，欢迎感兴趣的老师前来咨询。
2025-03-17
中科新生命
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