合作交流
转录组测序 • 原核转录组测序
· 产品定义
研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA序列信息。
· 技术路线
· 技术优势
1. 起始量低、质控严格
2. 去核糖体稳定性高、物种经验丰富
· 数据分析
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服务标准 |
分析内容 |
拟解决问题 |
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标准数据分析 |
质控 |
获得高质量数据 |
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参考基因组比对 |
获得后续分析的基因 |
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基因表达水平 |
获得基因的表达丰度 |
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趋势聚类分析 |
探讨基因的表达趋势模式 |
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表达差异分析 |
鉴定差异基因表达情况 |
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功能注释与富集 |
确定基因的功能特征及代谢通路 |
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蛋白互作网络分析 |
利用网络图挖掘核心基因 |
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操纵子结构分析 |
获得操纵子基因以及与之相关的调节基因 |
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UTR分析 |
获得UTR位置和基因信息 |
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高级数据分析 |
WGCNA |
获得与表型强关联的核心基因 |
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GSEA分析 |
检验目标基因间的富集情况 |
· 部分数据分析结果展示
· 推荐应用领域
1. 环境影响：分析环境变化对微生物生物学功能的影响
2. 胁迫研究：研究胁迫环境下微生物响应机制
3. 差异性状：寻找不同处理导致的性状表型相关联的主要功能基因
· 送样建议
菌体湿重0.2g（1.5ml管子约200ul处），若经过特殊处理，提取得率低，请加倍量送样，且确保处理后有活菌。
· 应用案例
文章题目：Substrate uptake patterns shape niche separation in marine prokaryotic microbiome
发表期刊：《Sci Adv》（IF=11.7） 发表年份：2024年