空间转录组 • 空间转录组
· 产品定义
空间转录组完美结合组织形态观察优势和转录组学高通量测序优势， 完成对一张组织切片近5000个spot点的高通量测序。10 x Genomics Visium空间转录组技术借助高通量测序数据和组织原位barcode标记构建空间表达图谱，提示不同组织位置的异质性，实现了从基因表达到组织空间区域对生命表型特征的全面解析，为组织微环境、细胞间信号通路和空间异质性研究提供了全新的解决方案，被广泛应用于人源及动植物的研究中。10 x Visium CytAssist无需透化优化/ 贴片测试等实验环节，大大缩短项目周期，节约样本使用量，一个基因设计多对探针，检测灵敏度提高，基因检出率更高，拥有更好的样本兼容性。
· 技术路线
Visium 1.0空间转录组（FF样本）技术路线
Visium CytAssist空间转录组（FF/FFPE样本）技术路线
· 技术优势
1. 平台稳定，不需要对组织进行细胞解离
2. 真正的实现组织形态学与转录组学的整合
3. 样本兼容性高：可兼容石蜡包埋样本和新鲜冷冻样本
4. 高检测特异性： Visium CytAssist人源RTL探针设计使每个基因增加到3-5个探针，检测更灵敏
5. 高性价比：Visium CytAssist仪器无需透化优化及贴片测试，缩短项目周期，节约成本
6. 操作更灵活：Visium CytAssist一张芯片两个捕获框，对于样本数量的组合更具灵活性
7. 节约样本用量：Visium CytAssist减少实验环节，降低样本使用量
· 数据分析
· 部分数据分析结果展示
· 推荐组合产品
1. 空间转录组+单细胞转录组
2. 空间转录组+空间代谢组
3. 空间转录组+空间蛋白质组
4. 空间转录组+空间蛋白质组+空间代谢组
· 推荐应用领域
1. 脑神经学：神经系统疾病研究
2. 发育生物学：细胞的空间分布和时空变化
3. 免疫研究：免疫浸润和免疫微环境
4. 肿瘤研究：肿瘤微环境和肿瘤异质性
5. 病理学研究：病理切片的空间表达信息
· 送样建议
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样本类型 |
取样方法 |
质量要求 |
保存运输 |
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新鲜组织 |
新鲜组织取样后处理干净组织表面的液体，立即进行OCT包埋冷冻处理，处理结束后，组织密封保存在-80℃环境，详情参见空间转录组送样建议或送样单 |
RNA的 RIN值≥7，组织H&E染色完整、无冰晶生成，且有目标区域。 |
干冰运输（参考6KG/天） |
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FFPE组织 |
建议将FFPE组织在固定和包埋后存储在4℃或是常温环境。 |
RNA的DV200 > 30%，组织H&E染色完整、无冰晶生成，且有目标区域。 |
常温或冰袋运输 |
· 应用案例
1. Atlas of the aging mouse br ain reveals white matter as vulner able foci.cell.2023
空间转录组联合单细胞核测序、bulk-seq揭示老年小鼠脑组织衰老病灶分子特征
2. In vivo macrophage engineering r eshapes the tumor micr oenvironment leading to eradication of liver metastases.Cancer cell.2023
空间转录组单细胞转录组、bulk-seq揭示巨噬细胞在肝转移肿瘤的免疫控制和免疫治疗的潜在相关性