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定量蛋白质组 • 极微量蛋白质组
· 产品定义
极微量蛋白质组采用最新的SMID方法对蛋白肽段进行低损耗一步法提取，并结合DIA全息扫描技术实现对微量样本深度检测的蛋白组学。
· 技术路线
· 技术优势
1. 超高鉴定量：基于DIA全扫描模式，结合高级分析软件，具有覆盖深度广、重复性高、低丰度检出率高的优点
2. 高灵敏度：使用新一代OrbitrapTM AstralTM 高分辨质谱仪，非对称轨道无损质量分析器（Astral）的使用，使灵敏度提升20-50倍，对微量样本响应更高，至纳克级别蛋白
· 数据分析
| 标准数据分析内容 | |
| 鉴定分析 | 鉴定与定量结果统计；单个样本蛋白质鉴定结果统计；韦恩图；主成分分析；PCC分析；RSD分析；蛋白质丰度分析 |
| 差异表达分析 | 差异结果统计；火山图；箱线图；雷达图；聚类分析 |
| 功能分析 |
亚细胞定位；结构域分析；GO功能分析；KEGG/Reactome/ WikiPathways通路分析；GSEA分析； 转录因子分析；互作网络分析；WGCNA分析 |
| 质量控制 | QC样本评价；组间样本鉴定评价；样本定量波动评价；DIA体系评价 |
· 送样建议
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样本类型 |
建议送样量 |
预处理及保存 |
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细胞类 |
原代细胞 |
≥1000 cells |
1）400g-1000g离心10min收获细胞，弃上清；2）用预冷的PBS小心洗涤片状沉淀物2次，置于冰上；3）低速离心去除上清，液氮速冻,-80℃保存。 |
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组织类 |
临床活检穿刺组织 |
≥1mg |
建议离体后PBS清洗血液，-80℃保存。 |
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类器官 |
≥1mg |
用PBS清洗三遍，以沉淀形式置于EP管中，封口膜包好，防止爆开。 |
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体液类 |
房水、玻璃体液 |
≥10μL |
1000g-2000g 离心10min（或使用 0.22μm滤膜过滤），取上清，-80℃保存。 |
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脑脊液、淋巴液 |
≥10μL |
1000g-2000g离心5min（或使用 0.22μm滤膜过滤），取上清，-80℃保存。 |
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外泌体类 |
外泌体 |
≥50μL |
自行抽提外泌体后（保存于PBS中）自行进行WB，NTA等指标检测并进行定量， 浓度不低于0.1μg/μL |
· 应用案例
1. Ultrasensitive Trace Sample Proteomics Unraveled the Protein Remodeling during Mesenchymal−Amoeboid Transition. Anal Chem. (IF 8.008)
极微量蛋白质组学揭示间充质变形转变的机制