定量蛋白质组 • 4D Label free 蛋白质组
· 产品定义
Label free是一种不依赖于同位素标记的非标记蛋白组定量技术,通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析,无需使用昂贵的稳定同位素标签做内标,只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,比较不同样品中相应肽段的信号强度,从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。
4D Label free蛋白质组学是基于带有离子淌度的timsTOF 系列质谱平台的Label free蛋白组学技术。该技术增加的第四维度离子淌度分离(基于肽段的碰撞截面积CCS),提高了离子利用率和准确度,以更快扫描速度,实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。
· 技术路线
· 技术优势
1. 无需昂贵的同位素标记试剂,实验周期短
2. 可用于不同物种间的“有无差异蛋白”比较
3. 无标记定量蛋白质组学中的倍数压缩
4. 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制,灵活方便
5. 4D Label free采用timsTOF 系列质谱平台,检测速度提升近一倍
· 数据分析
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标准数据分析内容 |
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鉴定分析 |
鉴定与定量结果统计；单个样本蛋白质鉴定结果统计；韦恩图；主成分分析；PCC分析；RSD分析；蛋白质丰度分析 |
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表达差异分析 |
差异结果统计；火山图；箱线图；雷达图；聚类分析 |
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功能分析 |
亚细胞定位；结构域分析；GO功能分析；KEGG/Reactome/ WikiPathways通路分析；GSEA分析；转录因子分析；互作网络分析；WGCNA分析 |
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质量控制 |
QC样本评价；组间样本鉴定评价；样本定量波动评价 |
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高级数据分析 |
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临床药物研究 |
药物靶点注释 |
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标志物的筛选 |
集成机器学习 |
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分子分型 |
无监督聚类分型分析 |
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关于个性化数据分析需求，请来电咨询 |
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· 部分数据结果展示
· 推荐组合产品
组学“黄金”联合：4D-label free + 4D-label free磷酸化蛋白质组
· 推荐应用领域
1. 药物应答、基因敲除/过表达的蛋白表达谱分析
2. 植物、微生物生长发育与胁迫逆境生理研究
3. 疾病生物标志物与药物作用靶点高通量分析
4. 蛋白作用机制与特殊功能蛋白质筛选
5. 各种物种的蛋白质组草图构建
· 送样建议
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样本类型 |
推荐样本量 |
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动物组织类 |
常规动物组织（脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等） |
≥15mg |
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植物组织类 |
柔软组织（木本植物的叶、花等，草本科植物，藻类，蕨类植物，大型真菌等） |
≥50mg |
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微生物类 |
菌类 |
≥20mg |
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细胞样品 |
悬浮/贴壁培养细胞 |
≥0.5 × 10^7 |
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体液样本 |
血清/血浆 |
≥0.05ml |
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外泌体 |
血浆（未提取外泌体） |
≥2ml（超速离心法)、≥200μL (Evtrap磁珠法) |
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提取完成的外泌体 |
≥50μg |
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其他类 |
细胞上清 |
≥2ml |
· 应用案例
文章题目:GTF2H4 regulates partial EndMT via NF-kB activation through NCOA3 phosphorylation in ischemic diseases
利用蛋白质组揭示GTF2H4 在缺血性疾病中的作用机制
发表期刊:The Innovation（IF=33.2）
合作单位:复旦大学附属中山医院 发表年份:2024年