干货分享 | 空间转录组Space Ranger分析结果,应该怎么看
Space Ranger软件是10x Genomics 官方提供的空间转录组配套分析软件,是一套利用明场HE染色成像或荧光显微镜图像处理Visium空间基因表达数据的分析流程,在10x Visium 空间转录组的分析中十分重要。目前10x Genomics空间转录组不断推陈出新,那么不同版本的Space Ranger包含哪些内容以及代表什么含义呢?请跟小编一起研究下:
10x Visium 1.0 Space Ranger
图1 10x Visium 1.0 Space Ranger 结果
Number of Reads
本次实验样本总的测序reads数;
Valid Barcodes
barcode校准后有效的barcode数占总的reads的比例,Space Ranger会先纠正barcode序列中的序列错误,然后再进行统计;
Valid UMIs
有效的UMI数占总的reads的比例;
Sequencing Saturation
测序饱和度值,就是在当前测序深度情况下,有多少比例的捕获到的mRNA被测出来了,比如这这里的测序饱和度是61.3%,说明有61.3%的mRNA基因被检测出来了,如果加大测序深度会有更多的mRNA被检测出来;
Q30 Bases in Barcode
barcode序列的Q30值;
Q30 Bases in RNA Read
捕获的mRNA序列的Q30值;
Q30 Bases in UMI
UMI序列的Q30值;
Reads Mapped to Genome
比对到基因组上reads的比例;
Reads Mapped Confidently to Genome
唯一比对到基因组上reads的比例;
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions
比对到唯一基因间区的reads的比例;
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions
比对到唯一内含子区的reads的比例;
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions
比对到唯一外显子区的reads的比例;
Reads Mapped Confidently to Transcriptome
比对到唯一基因转录组上reads的比例,这一部分的reads就是用来对UMI进行计数统计的;
Reads Mapped Antisense to Gene
比对到基因转录组的反义链区域的reads比例,这部分reads是没有意义的;
Fraction Reads in Spots Under Tissue
比对到唯一基因转录组上reads(Reads Mapped Confidently to Transcriptome)有多少比例覆盖在组织区域的spot上,这里是92.3%,那就说明只有7.7%的reads分布在组织之外的灰色区域的。10x软件在这里有一个默认的阈值为50%,认为这个比例值超过50%结果是正常的,低于50%则回到网页最上面区域提示报错信息(认为可能是透化不完全导致背景RNA过高或者是组织区域选的不合适);
Mean Reads per Spot
每个spot的平均reads数,10x这里采用的是所有测序reads总数除以组织上检测到的spot数(跟单细胞的统计方法是一样的);
Mean Reads Under Tissue per Spot
每个spot点用于分析的平均reads数;
Median UMI Counts per Spot
每个spot的中位UMI数;
Median Genes per Spot
每个spot的基因中位数;
Total Genes Detected
检测到的基因总数。
10x Visium 2.0 Space Ranger
(基于探针)
图2 10x Visium 2.0 Space Ranger 结果
Number of Spots Under Tissue
用于分析的组织覆盖区域的spots数目;
Mean Reads per Spot
每个spot中平均reads数;
Median Genes per Spot
每个spot中基因的中位数;
Number of Reads
测序数据reads数量;
Valid Barcodes
匹配上矫正后barcode的测序reads百分比;
Valid UMIs
有效的UMIs百分比,例如UMI不含Ns,也不是均聚物;
Sequencing Saturation
测序饱和度;
Q30 Bases in Barcode
Barcode碱基质量值大于30的百分比
Q30 Bases in Probe Read
匹配上Probe的read碱基质量值大于30的百分比;
Q30 Bases in UMI
UMI碱基质量值大于30的百分比;
Reads Mapped to Probe Set
比对到测序probe基因集上的reads百分比;
Reads Mapped Confidently to Probe Set
比对到测序probe基因集上的高质量可信reads百分比;
Reads Mapped Confidently to the Filtered Probe Set
比对到过滤后的测序probe基因集上的高质量可信reads百分比;
Fraction Reads in Spots Under Tissue
比对到组织区域中spots上的reads百分比;
Mean Reads Under Tissue per Spot
位于分析组织区域的每个spot平均reads数;
Median UMI Counts per Spot
每个spot中UMI的中位数;
Median gene per Spot
每个spot中gene的中位数;
Genes Detected
检出的基因总数。
10x Visium HD Space Ranger
(基于探针)
图3 10x Visium HD Space Ranger 结果
Number of 8μm binned squares under tissue
切片组织区域中8μm bin的数量;
Mean reads per 8μm bin
每个8μm bin中的平均reads数;
Mean UMI per 8μm bin
每个8μm bin中的平均UMI数;
Total genes detected
整个组织区域检测到的总基因数;
Reads Mapped to Probe Set
比对到测序probe基因集上的reads百分比;
Reads Mapped Confidently to Probe Set
比对到测序probe基因集上的高质量可信reads百分比;
Reads Mapped Confidently to the Filtered Probe Set
比对到过滤后的测序probe基因集上的高质量可信reads百分比;
Reads Half-Mapped to Probe Set
配对的reads只有其中一条map到探针集上的reads比例;
Reads Split-Mapped to Probe Set
比对的reads都比对到了探针集上,但没有比对到同一个探针ID中的reads比例;
Number of Reads
测序数据reads数量;
Valid Barcodes
匹配上矫正后barcode的测序reads百分比
Valid UMIs
有效的UMIs百分比,例如UMI不含Ns,也不是均聚物;
Sequencing Saturation
测序饱和度;
Q30 Bases in Barcode
Barcode碱基质量值大于30的百分比;
Q30 Bases in Probe Read
匹配上Probe的read碱基质量值大于30的百分比;
Q30 Bases in UMI
UMI碱基质量值大于30的百分比;
Fraction of Bins Under Tissue 8μm
用于分析的组织覆盖下的bin 8μm占比。
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