APT分享 | SCI投稿又双叒叕被打回来怎么办？

S君花费数月进行了大规模蛋白质组学定量实验，接着又用数月时间完成了所有数据分析整理和实验验证，写好了文章，忐忑不安地去投稿，却被打回来了，，，编审大大轻描淡写曰：数据不完整。%>_<%

那蛋白质组学数据发表文章究竟有什么要求？其实在投稿 guidelines 中都有明确的要求，但是是否是并不熟悉的您是否是看的有些云里雾里的了？不要担心，今天我们一起来帮您分析一下，您还要做哪些准备？

蛋白质组学领域主流杂志 MCP(Molecular&CellularProteomics) , JPR(Journal of Proteome Research) , Proteomics , JP(Journal of Proteomics) 等对于大规模蛋白组学数据的内容和严谨性都有非常高的要求，数据不完整或文章细节描述不清楚，都是万万不行的，如果您准备投稿了，先来check下文章内有没有包含以下内容：

• 实验设计、统计学方法
  

样品总数、技术/生物学重复的数量，对照的数量及类型，如何随机取样，采用的统计学方法及原因

• 搜库参数及筛选标准

搜库软件的名称及版本、数据库的名称序列条数及公布日期（NCBI和UniProtKB可写下载日期）、酶、漏切位点、固定修饰、可变修饰、一级质量容差、二级质量容差、筛选标准（得分/期望值的阈值、FDR）

这类数据从哪里获取呢，请认真看一下我们的报告，以上基本参数信息在我们的报告中都有介绍了呢。

结果及补充文件

•   肽段及蛋白质鉴定

肽段：所有肽段的肽段序列、电荷数、质荷比、修饰、打分

蛋白：登录号、唯一肽段数量、肽段覆盖率、一段肽的需提供有注释信息的二级质谱图

• 翻译后修饰（不是做修饰组学的忽略即可）

肽段中修饰氨基酸的位置、修饰位点打分的阈值、将修饰位点确定及不确定的修饰肽段在不同表格中分开列示，修饰肽段的二级质谱图

以上其实就是我们的报告附件所包含的内容，您直接拿去使用即可。（APT的服务就是这么贴心，谁用谁知道~~）

• 定量

蛋白质和肽段检测到的定量信息、如何从质谱文件生成定量数据（所采用的技术方法和分析软件）、系统误差的矫正（定量数据采用的归一化方法）、定量数据分析可靠性评估（技术重复或统计学方法）、生物学数据可靠性分析（生物学重复设置、统计方法检验、独立实验验证等）（没有设置重复的数据很难被接收）

原始数据提交

蛋白组学投稿要求必须在第三方平台上（如ProteomeXchange）上传原始数据，具体详见我们下期的原始数据上传说明。数据提交完成后需要在文章中说明原始数据的访问路径或数据存储ID。

需要提交的原始数据包括以下几类：RAW文件、查库结果文件、质谱图（一段肽蛋白及修饰组学的修饰肽段必须提交，多段肽的蛋白无需提交。若文件小于100M可以作为补充文件与文章一起上传）。

如果您文章中缺少以上内容的任意一部分，趁着编审还未发现，赶紧补起来吧！最后，不得不提下中科新生命的服务，到底有多全面：全博士售前团队，专业项目售后，数据发表负责到底！

【预告一波】

下周会跟大家科普一波具体怎么上传原始数据，研究蛋白质组学的童鞋们一定要关注了！

另外，APT的技术支持还贴心附上了各大杂志的投稿须知：

大家一定要认真看哦~

MCP：

http://www.mcponline.org/site/misc/ms_guidelines.xhtml

http://www.mcponline.org/site/misc/CheckList.pdf

http://www.mcponline.org/site/misc/MCP_Targeted_Mass_Spec_Guidelines_1.27.17.pdf

JPR：

http://pubs.acs.org/paragonplus/submission/jprobs/jprobs_authguide.pdf

JP：

https://www.elsevier.com/journals/journal-of-proteomics/1874-3919/guide-for-authors#89001

Proteomics ：

http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)1615-9861/homepage/2120_authorguidelines.html