新神器来袭：PRM技术——蛋白质组学验证，无缝对接！！
2017-05-13
中科新生命
4755接上回，这场纷争卷入了越来越多的参与者，好生热闹，俨然成为蛋白质组武林大会。我们暂把分级放一边，来聊一聊这位看似口气很大的00后PRM同学。“你们争个毛线啊，你们的结果，最终不都需要我来验证才能算数么”。众人：难道PRM上面有人?那我们就不得不人肉下这位天不怕地不怕的00后了。
要扒PRM的底，要先从他的前世SRM/MRM说起。
大家对SRM/MRM技术应该并不陌生。简单来说，SRM/MRM与我们常规使用的蛋白质组方法label-free 、iTRAQ/TMT并不是一家人，其无论在质谱硬件上还是数据采集模式上均有所不同。SRM/MRM采用的是基于triple Quadrupole质谱的selected scan模式。借助于这种特殊的数据采集方式，SRM/MRM与WB、ELISA分析一样，可选择性、特异性地对目标蛋白质进行定量分析（或绝对定量分析）。
那么，既然SRM/MRM与WB、ELSA的功能类似，两者有何区别呢，我们来做个比较：SRM/MRM VS WB、ELISA。
基于以上优势，SRM/MRM曾在2012 年被国际顶级技术方法学期刊《Nature Method》评为年度最佳技术。
并且，SRM/MRM已经跻身临检殿堂（临检技术的可靠性、重复性不容置疑！），基于SRM/MRM的临检服务（摘自FDA网站）：
这里重点提一下ExpresyslungTM：Expresys lungTM是一个标志物panel，含有11个标志物，用于肺结节良恶性判断（http://www.indidx.com/）。其采用SRM/MRM检测方案，体现了该技术能够同时定量多个指标的优势。
SRM/MRM也是label free 、iTRAQ/TMT等组学技术的好伙伴。大规模组学技术不可避免地存在定量假阳性的问题，组学结果往往需要再采用特异性的检测方法来验证。最常规的方法就是WB、ELISA（别跟我提PCR，蛋白和转录是两个层次），当然也经常采用SRM/MRM（推荐一篇蛋白质组+SRM/MRM应用的经典文献：Nat Biotechnol. 2011 Jun 19;29(7):635-43. ）。
2016年7月顶级杂志《Cell》上发表的一篇方法学研究，将SRM/MRM的应用推上了新的高度：利用166,174个已充分确定特征的化学合成肽段，SRM/MRM可选择性、特异性定量人类蛋白质组中99.7%的已注释蛋白。这是目前任何其他一个技术方法都无法做到的，其应用前途一篇光明。
我们将目光回到PRM身上，上述的这些SRM/MRM的传说和荣光跟PRM有何关系呢？PRM诞生于2011年，其与SRM/MRM一脉相承，最大的改变在硬件上：
如图中所示，PRM将第三个Quadrupole变更为了高分辨、高精度的Orbitrap或TOF质量分析器，从而实现了完美升级，PRM VS SRM/MRM分析能力：
关于定量的提升能力：曾有研究这利用14条标准肽段比较了SRM和PRM两种扫描方式的选择性和灵敏度。结果表明，在无基质的情况下，SRM和PRM的定量限均能达到amol级；在酵母基质中，PRM的定量限仍保持在amol级，但SRM的定量限只有fmol级，上升了一个数量级，SRM离子对受到较大的基质干扰。体现了基于高分辨、高质量精度质量分析器的PRM的优势。
（Mol Cell Proteomics. 2012 Nov; 11(11): 1475–1488.）
PRM虽然是个00后（准确点说是个10后），但基于其技术优势，目前已经被越来越多地应用，尤其是与组学工具相结合，文献推荐：Nature. 2014 Sep 18;513(7518):382-7.（定性）；Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Aug 11;112(32):9944-9.（Label free+ PRM）；Theranostics. 2016Mar 21;6(6):773-94.（iTRAQ+ PRM）
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