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看!10分文章中的RNA pull-down如何七十二变
发布日期:2018.01.25

长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,它们并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。近年来的研究表明,lncRNA参与了细胞分化、细胞凋亡、免疫应答以及发育等多个生物学过程。在肿瘤细胞中,某些特定的lncRNA的表达水平会发生改变,这种表达水平的变化能够作为癌症诊断的标志物(有时是非常灵敏的诊断标志物,如前列腺癌中的DD3)和潜在的药物靶点。


虽然近年来关于lncRNA的研究进展迅猛,但是绝大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的。因此lncRNA的研究是一片非常广阔的未知领域,具有极大的科研价值和意义,其中RNA Pull-down技术为lncRNA生物学功能的验证起到了至关重要的作用。RNA Pull-down结合了体外转录与生物素标记、质谱技术,是研究非编码RNA与蛋白质相互作用的一大利器。


最近发表在Cancer Res(IF 9.122) 以及HEPATOLOGY(IF 13.246)杂志上的2篇文章:“MetaLnc9 Facilitates Lung CancerMetastasis via a PGK1-Activated AKT/mTOR Pathway”以及“Long Noncoding RNA TSLNC8 Is aTumor Suppressor That Inactivates the Interleukin-6/STAT3 Signaling Pathway”,都是采用RNA Pull-down结合体外转录、生物素标记和质谱技术来研究lncRNA在肿瘤细胞增殖和侵袭过程中的功能以及分子机制。




前者通过RNAPull-down结合质谱技术找到了与lncRNA MetaLnc9互作的糖酵解激酶PGK1,并通过其他生理生化实验证实MetaLnc9能够阻止PGK1在肺癌细胞中的泛素化,导致致癌AKT/mTOR信号通路的激活;MetaLnc9还与P54nrb / NonO(NONO)相互作用,以帮助介导CRTC的活化,CRTC是转录因子CREB的共同激活因子,加强了转移的正反馈环。这些研究表明MetaLnc9是新的肺癌细胞转移调控因子,有可能在肺癌预防和治疗中起到关键作用。


后者通过RNAPull-down结合质谱技术找到了与lncRNATSLNC8互作的两个蛋白TKT、STAT3,这俩者能通过同一个位点与lncRNATSLNC8结合,调节了TKT对STAT3磷酸化作用。在HCC中,STAT3激活后,能促进下游IL-6的表达,而IL-6又能促进STAT3的激活,这里形成了一个反馈回路。


这俩篇文章的思路都是从lncRNA分子筛选(转录组等)出发,结合临床意义(生存率等)以及分子功能(细胞增殖侵袭等)、机制研究(RNA Pull-down结合质谱技术、其它生理生化实验)进行。其中,两篇文章中的pull-down质谱检测是在中科新生命完成。

以下是研究LncRNA的经典研究套路,给大家参考!



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